Décembre 2002 - n°73
GenoStar annonce la mise
à disposition de sa plate-forme bioinformatique pour les laboratoires
de recherche publics français
En décembre 1999 naissait GenoStar, consortium public/privé créé
à l’initiative des sociétés Genome Express et Hybrigenics,
de l’INRIA et de l’Institut Pasteur.
L’objectif était alors de proposer à la communauté
scientifique un outil permettant de décrypter le vivant ; une plate-forme
offrant un schéma unifié de représentation des connaissances
biologiques, à même de traiter des données d’origines
diverses (séquençage haut débit, micro-array, protéomique,
double hybride). GenoStar réduit ainsi de façon significative
les problèmes actuellement associés à l’identification
et à l’interprétation des corrélations entre données
biologiques.
Grâce à la compétence et la motivation de ses équipes,
le consortium est aujourd’hui en mesure d’annoncer la disponibilité,
pour les laboratoires de recherche publics français, d’une première
version de sa plate-forme bioinformatique de génomique exploratoire.
GenoAnnot, GenoLink et GenoBool : trois modules
applicatifs, autour d’un noyau dédié à la gestion
et à la persistance des données
Le séquençage à haut débit de génomes confronte
les chercheurs en biologie à un vaste volume d’informations. L’exploration
et l’analyse cohérente de toutes ces données requièrent
des systèmes informatiques de haut niveau, efficaces, sûrs et évolutifs,
capables d’aider les biologistes dans leur démarche de recherche.
GenoStar répond à ces exigences en offrant, au sein d’un
environnement interactif convivial, un ensemble de méthodes bioinformatiques
performantes, dédiées à l’analyse des génomes.
Associé à une technologie logicielle avancée, le système
est actuellement structuré en trois modules :
>GenoAnnot est destiné à l’annotation des séquences
génomiques, autrement dit à la recherche et à l’identification
de régions d’intérêt biologique, au premier rang desquelles
figurent les gènes, à partir d’une séquence brute.
>GenoLink prolonge l’activité exploratoire et intégrative
du biologiste en lui permettant de confronter des données et des informations
très variées, qu’elles soient produites dans GenoStar ou
importées. Ce module complète ainsi le processus d’annotation
entamé par GenoAnnot vers la caractérisation des fonctions des
produits de gènes.
>GenoBool aide à la mise en évidence de liens significatifs
entre des collections de données hétérogènes. Il
permet de coder ces données dans une représentation uniforme,
puis d’y appliquer des méthodes d’analyse statistiques simples
ou élaborées comme les analyses factorielles ou les méthodes
de classification.
Fort de ses trois premiers modules, GenoStar offre un schéma unifié
de représentation des connaissances biologiques et de leurs méthodes
d’analyse ; un schéma qui affranchit l’utilisateur des problèmes
liés à l’hétérogénéité
des données et des méthodes, inhérents à la plupart
des plate-formes existantes.
Une réponse complète, évolutive
et conviviale aux exigences de la génomique
Disponible sous Linux, Unix et Mac OS X, la plate-forme GenoStar constitue un
outil d’aide à la découverte complet, évolutif et
convivial.
une plate-forme intégrée :
Le champ de la génomique dépasse la simple séquence
génétique ; GenoStar permet l’intégration et l’analyse
d’informations variées au moyen de requêtes évoluées.
Les relations entre des données biologiques de sources hétérogènes
peuvent de fait être étudiées : voisinage chromosomique,
interactions physiques, usage du code génétique…
Les méthodes d’analyse doivent s’adapter aux données
; GenoStar offre une gamme de techniques variées, assiste l’utilisateur
dans leur mise en œuvre et offre une synthèse visuelle des résultats.
plate-forme évolutive :
La génomique évolue rapidement ; GenoStar s’adapte
aux nouvelles catégories de données grâce à la création
et l’intégration aisée de nouveaux schémas.
La bioinformatique évolue ; GenoStar permet d’étendre la
palette de méthodes d’analyse et de les enchaîner au sein
de stratégies personnalisables, tout comme il est en mesure d’accueillir
de nouveaux modules logiciels.
une plate-forme prête-à-l’emploi
:
Les applications bioinformatiques sont très variées ;
écrit en Java™, GenoStar ne dépend pas d’un système
informatique particulier. Les modules qui le composent partagent leurs données
et communiquent entre eux ; leurs interfaces graphiques sont homogènes…
Dès le 15 novembre, le CDRom de GenoStar
Version 1.1 a été envoyé à ceux qui en ont fait
la demande…
Le 14 octobre dernier, GenoStar annonçait officiellement la mise à
disposition de sa plate-forme bioinformatique aux laboratoires de recherche
publics français, à des fins exclusives d’enseignement et
de recherche.
Cette première version GenoStar Version 1.1, a été présentée
en mai 2002 lors d’une démonstration publique à l’Institut
Pasteur. Elle a ensuite bénéficié d’une phase de
bêta-test qui implique, depuis le mois de juin, une demi-douzaine de laboratoires
académiques.
Notons que les méthodes offertes par le module GenoAnnot dédient
plus particulièrement GenoStar 1.1 à l’exploration des données
portant sur des organismes procaryotes. Son intérêt pratique résulte
directement de la disponibilité des séquences complètes
de près d’une centaine de génomes bactériens ; auxquelles
s’ajoutent chaque mois deux génomes entiers. Les versions à
venir, auxquelles pourront avoir accès les laboratoires étrangers
et les sociétés privées, offriront dès 2003 des
fonctionnalités avancées de gestion des données et des
connaissances, ainsi que des capacités d’analyse étendues,
en particulier des génomes eucaryotes.
Le consortium, soutenu par le Ministère délégué
à la Recherche et aux Nouvelles Technologies, souhaite ainsi faire accéder
la recherche française aux technologies les plus avancées en matière
de bioinformatique.
" En diffusant cette première version aux laboratoires publics
de recherche, nous entendons, d’une part, tenir nos engagements vis-à-vis
du Ministère qui a participé à notre financement et, d’autre
part, contribuer à l’effort national de recherche en génomique
et post-génomique et offrir un vecteur pour l’enseignement et la
diffusion des méthodes et des outils de la bioinformatique ",
déclare François RECHENMANN, responsable scientifique du consortium
et directeur de recherche à l’INRIA.