Octobre 2005 - n°103
ABORYGEN : une offre en logiciels et services destinée aux chercheurs
Société de bioinformatique, Aborygen s'est spécialisée
dans le développement d'une offre logicielle et de services innovante
permettant l'analyse des séquences et des structures des macromolécules
biologiques.
Une nouvelle approche de la biologie est apparue ces dernières années
: la biologie " in silico " dite bioinformatique. Elle participe
à la mise en place de nouveaux produits et de nouveaux services essentiels
au développement des biotechnologies de la santé, de l’agroalimentaire
et de l’environnement.
La bioinformatique constitue un marché porteur avec une forte capacité
de progression. Le marché des logiciels d’analyse en particulier
devrait connaître une forte progression jusqu’à atteindre
les 375 millions de dollars en 2009. La clientèle des logiciels d’analyse
est constituée principalement par les chercheurs en Sciences de la
Vie. L’objectif de la société AbOrygen est de développer
une offre logicielle et de services dont l’innovation repose sur les
besoins des chercheurs.
La société AbOrygen a été créée
en mars 2004 par Dominique Colinet, Serge Villa et Frédéric
Mandrea. Les 3 fondateurs ont plusieurs cordes à leur arc : Dominique
Colinet est docteur en sciences, gérant et responsable scientifique
de la société ; Serge Villa est responsable du développement
informatique ; Frédéric Mandrea est docteur en sciences et développeur
informatique spécialisé dans la 3D. Soutenue par l'incubateur
PACA-Est et par le centre de Promotion des Entreprises (Grasse), la société
Aborygen, dont les locaux sont situés à proximité de
la technopole de Sophia Antipolis (Nice) s'est vue accorder le statut de Jeune
Entreprise Innovante (JEI).
Un logiciel qui rencontre un franc succès
La société développe et commercialise un premier logiciel
appelé biOpen® et qui permet l'analyse des séquences et
des structures des acides nucléiques et des protéines. Son originalité
réside dans l'intégration dynamique des outils d'analyse au
cœur de l'application. Ces outils d'analyse sont intégrés
dans un environnement global sous une interface performante, conviviale et
complète pour faciliter la prise en main de biOpen®. Ainsi, grâce
à un système de configuration " à la carte ",
l’utilisateur peut travailler uniquement avec les fonctions d’analyse
qui lui sont nécessaires.
Ce logiciel répond à trois des principales attentes des chercheurs
:
- Modularité dans le choix des outils d'analyse avec un prix adapté
aux besoins du client,
- Evolution aisée du logiciel par acquisition de nouvelles fonctions,
- Convivialité apportée par le fonctionnement sous un environnement
intégré.
biOpen® possède en outre une interface moderne avec des fonctionnalités
originales qui permettent de simplifier le quotidien de l'utilisateur :
- La gestion de projets, permettant une structuration claire des séquences,
structures et résultats liés aux projets de recherche et leur
communication aisée entre chercheurs,
- La synchronisation des séquences, des structures et des résultats
d'analyse permettant de visualiser en temps réel et sur chaque représentation
les modifications effectuées sur une zone d'intérêt particulière,
- L'affichage dynamique des résultats dans les différentes vues
d'une séquence,
- La visualisation en 3 dimensions des structures avec la possibilité
d'étudier les relations avec les séquences associées.
La version actuelle de biOpen® destinée au système d’exploitation
Mac OS X est commercialisée depuis le deuxième trimestre 2004
et a déjà rencontré un franc succès. biOpen®
est en effet adopté par un nombre toujours grandissant d'unités
de recherches, aussi bien en France qu’à l’étranger,
et les réactions des utilisateurs sont enthousiastes comme le montrent
les témoignages qui peuvent être lus sur le site internet de
la société. Une version de démonstration est disponible
gratuitement et a déjà été téléchargée
par plus de 4000 chercheurs.
Une nouvelle version du logiciel à destination du système Windows
est actuellement en cours de développement et devrait sortir dans le
courant du premier semestre 2006.
Un développement en partenariat
Depuis sa création, la société a tissé des collaborations
avec plusieurs partenaires académiques dans le but de développer
des fonctions inédites et originales pour biOpen® ainsi que des
logiciels plus spécialisés.
Un partenariat a été établi avec l’Université
Libre de Bruxelles (Belgique). L’objectif est d’implémenter
une méthode de prédiction de l’effet de mutations sur
la stabilité d’une protéine développée par
le Dr Dimitri Gilis et le Dr Marianne Rooman (Unité d’Ingénierie
Moléculaire et Biomoléculaire, ULB, Belgique).
Par ailleurs, une convention de collaboration a été signée
avec l’Université de Nice et l’INSERM afin de développer
une méthode automatisée de recherche dans les bases de données
à partir des travaux du Dr Anouk Courseaux et de Yan Fantéi
(Unité de Recherche et de Génétique Moléculaire
de la Différentiation et du Développement (INSERM U470 –
Faculté des Sciences de l’Université de Nice)).
Une activité de services qui s’intéresse
aux problèmes biologiques des chercheurs
AbOrygen met sa technologie et son savoir faire au service des acteurs en
sciences de la vie pour apporter des solutions adaptées à leurs
préoccupations. Parfaitement complémentaire et d’un haut
niveau de formation et d’expérience, l’équipe d’AbOrygen
a été constituée pour développer des applications
personnalisées pour les laboratoires de recherche, interfacer et adapter
leurs logiciels, analyser leurs données…
De nouveaux outils bientôt disponibles
AbOrygen va commercialiser très prochainement de nouveaux modules pour
biOpen® ainsi que des logiciels spécialisés qui seront directement
disponibles pour Mac OS X et Windows. A long terme, le développement
de logiciels et de modules personnalisés permettront de répondre
aux besoins spécifiques des clients. Les sociétés privées
pourraient alors constituer le secteur le plus attractif pour la société
AbOrygen qui y verrait là le moyen de nouer des partenariats forts
et de développer durablement sa croissance.
M. HASLÉ