Mai 2005 - n°99
Déménagement et Réorganisation pour Transgenomic France
Dirigée par M. Olivier MERLE, la société Transgenomic
France vient de finaliser son déménagement et sa nouvelle organisation
européenne.
A l'origine, Transgenomic Limited est une société américaine
basée à Omaha (Nebraska), spécialisée dans les
domaines de la génétique humaine et de l'industrie des sciences
de la vie. En France, Transgenomic dispose désormais à Elancourt,
en région parisienne, de 400 m2 de bureaux que se partagent
les services commerciaux, administratifs, applicatifs et formation, non seulement
pour la France, mais également pour l'Europe. L'année 2005 marque
en effet l'européanisation du siège social. 40 personnes, dont
11 basées dans l'hexagone, dépendront à l'avenir du site
parisien.
Le succès de Transgenomic se base sur son expérience en chimie
séparative et sur l'analyse de l'ADN par D-HPLC réalisée
par le biais de sa plate-forme WAVE®. Elle permet aux chercheurs de découvrir
et d'identifier des variations du code génétique humain. Ce
système de chromatographie liquide à haute performance en phase
dénaturante permet d'analyser des mutations génétiques
connues et inconnues plus rapidement, avec plus d'exactitude et à un
coût inférieur par rapport aux autres techniques plus classiques
d'analyses sur gel.
"Grâce au séquençage complet du génome
humain, la mise en évidence de variations dans la séquence du
code génétique ou encore l'analyse de mutation devient le lien
essentiel au développement de nouveaux médicaments et diagnostics.
La recherche de mutations chez des individus présentant une pathologie
ou des traits particuliers peut conduire à une corrélation entre
les gènes et les pathologies ou les traits spécifiques. Notre
système WAVE®, à la différence des outils utilisant
des technologies plus conventionnelles, peut détecter ces mutations
génétiques sans avoir connaissance de leur existence ou position.
En conséquence, le système WAVE® fournit aux chercheurs
des moyens plus précis et plus efficaces pour exécuter les expériences
nécessaires à l'identification de mutations et à la corrélation
entre les mutations et différentes pathologies." explique
M. Merle.
Le système D-HPLC est conçu pour exécuter, à une
vitesse élevée, des analyses automatisées de molécules
d'ADN. Il est basé sur la connaissance de la technologie des micro-particules.
Ces dernières ont permis le développement de la colonne de séparation
DNASep® . Les microparticules ont une chimie extérieure spécifique
qui interagit avec les molécules d'ADN qui sont alors sélectivement
séparées en fonction d'un gradient d'élution. Ce processus
est automatisé par le logiciel NAVIGATOR™ qui permet l'analyse
et l'identification des mutations.
Le WAVE® est un système entièrement automatisé pour
l'analyse de fragments d'acide nucléique d'origine humaine, animale,
végétale et microbienne. Il est disponible sous 2 plate-formes
préparatoire et analytique) pour exécuter la séparation
et la quantification rapides et automatisées des fragments simple-
et double-brins d'acide nucléique sur la colonne de DNASep. Avec ses
trois modes de fonctionnement (non dénaturant, partiellement dénaturant,
totalement dénaturant), le système peut être utilisé
dans un grand nombre d'applications incluant l'analyse d'oligonucléotides,
l'analyse de taille d'acide nucléique et la détection de mutation.
Couplé à un échantillonneur automatique, il peut accepter
une ou deux microplaques de 96 ou 384 puits. Comme la qualité du résultat
dépend du contrôle de la température de l'échantillon,
ce contrôle est assuré à partir du logiciel NAVIGATOR™
pendant toute la manipulation.
La société dispose de plusieurs axes de développement
:
- Apporter des applications nouvelles à sa plateforme : plus particulièrement
une stratégie de criblage originale de des mutations somatiques basée
sur la technologie du Système WAVE® HS Cette nouvelle technique
analytique extrêmement sensible de chromatographie liquide à
haute pression en condition dénaturante (DHPLC) utilise une détection
en fluorescence post-séparative. Cette technologie de criblage permet
la détection de mutations qui représentent < 0.1 % de l'ADN
total analysé. Cette stratégie facilite ainsi l’approche
de criblage à la détection et à la capture des mutations
somatiques connues et/ou inconnues présentes en faible abondance dans
les échantillons hétérogènes de tissus tumoraux.
" High Sensitivity Scanning of Colorectal Tumors and Matched Plasma
DNA for Mutations in APC, TP53, K-RAS, and BRAF Genes with a Novel DHPLC Fluorescence
Detection Platform” S.L. Lilleberg et all Ann. N.Y. Acad. Sci. 1022:
250-256 (2004)
-Développer ses applications sur d'autres secteurs, et notamment en
microbiologie (Analyse directe de communautés microbiennes complexes
sans étape de culture, Analyse à haut débit des gènes
de résistance aux antibiotiques et Identification des souches et des
espèces bactériennes) ;
- Etoffer ses réactifs en biologie moléculaire et notamment
la nucléase de SURVEYORTM qui offre une manière simple et flexible
de détecter des mutations génétiques inconnues ou connues
et des SNPs dans n'importe quel type d’échantillon cible. A la
différence des enzymes de clivage actuellement disponibles, la nucléase
de SURVEYORTM reconnaît toutes les insertions, suppressions et substitutions
de base.
Elle permet le double clivage hautement spécifiqueà l'emplacement
précis du "mismatch" de n'importe quel ADN hétéroduplexe.
L’utilisation de la polymérase "proof-reading" Optimase®
permet une réduction du bruit de fond non spécifique et induit
de ce fait une amélioration de la lecture des résultats. Les
kits de nucléase SURVEYOR™ sont optimisés pour utilisation
sur trois plates-formes d'analyse différentes: électrophorèse
sur gel,électrophorèse capillaire fluorescente et systèmes
PAGE et le système d-HPLC WAVE®.
Proposer d'autres solutions technologiques, en particulier le système
d’électrophorèse multi capillaires (de 24 à 192
capillaires) de la société SPECTRUMEDIX (www.spectrumedix.com).
Tout un programme qui laisse entrevoir de belles perspectives d'avenir…
BB