Juillet 2006 - n°112
ATRAGENE : la Biointégration® au service de l’informatisation de votre R&D Aujourd’hui, l’utilisation de l’outil informatique
dans les laboratoires de recherche est devenue incontournable, que ce soit
en matière de support (base de données, puissance de calcul,
portail web…) ou en tant qu’outil d’aide à la décision
(traitement de grande quantité de données, simulation…).
ATRAGENE, société d’informatique spécialiste
des sciences de la vie, travaille tout particulièrement à l’intégration,
l’analyse et au partage des données et des applications métiers
pour la R&D : bio-informatique, chémo-informatique et modélisation
moléculaire.
Au travers d’environnements informatiques homogènes et sécurisés,
ATRAGENE renforce la capacité d’innovation deséquipes
de recherche, tout en garantissant la continuité et l’intégrité
des flux de données.
Une réponse aux besoins d’informatisation
des laboratoires
A l’origine de la société ATRAGENE, trois hommes aux expériences
complémentaires :
=> Alain MALPERTUY, aujourd’hui gérant d’ATRAGENE, est
issu du laboratoire de Génétique Moléculaire des Levures,
dirigé par le Pr Bernard DUJON à Institut Pasteur ;
=> David POLVERARI, Directeur technique du département Research
Informatics, a exercé au sein du laboratoire de Biophysique du Muséum
National d’Histoire Naturelle, du Pr Claude HELENE ;
=> Olivier LEMAITRE, Directeur technique du département Conseil,
s’est constitué une solide expérience en développement
informatique au sein de différentes SSII.
C’est au cours de leurs thèses, face au manque d’outils
disponibles pour caractériser les génomes, créer des
chaînes d’analyses et tout simplement partager les données
avec leurs collaborateurs, que M. MALPERTUY et M. POLVERARI ont eu l’idée
de créer une société répondant à l’ensemble
de ces besoins.
Le projet d’entreprise, initié fin 1999, se distingue tout d’abord
comme lauréat du concours 2001 de la Fondation Aventis – Institut
de France. Bénéficiant de la formation Challenge + HEC, puis
du soutien de l’équipe Genopole® Entreprise, les jeunes chercheurs
créent officiellement leur société fin 2001. Un an plus
tard, forte d’une année de maturation supplémentaire,
l’activité ATRAGENE est véritablement lancée. L’équipe
est alors hébergée au sein de la pépinière de
Genopole® Entreprise, avant d’emménager en décembre
2004 dans ses locaux actuels, toujours à Evry.
ATRAGENE réunit aujourd’hui huit collaborateurs : informaticiens,
bioinformaticiens et chemo-informaticiens. Sept d’entre eux possèdent
un niveau de formationégal ou supérieur à bac + 5
Du métier d’éditeur de logiciels
à celui d’intégrateur de technologies pour la R&D…
Le métier d’ATRAGENE a sensiblement évolué depuis
la création de l’Entreprise. Initialement centré sur l’édition
de logiciels bioinformatiques et les prestations de service en « informatique
classique », il s’est en effet largement étendu en 2005
à l’intégration des nouvelles technologies de l’information
appliquées au processus de R&D avec la mise en place d’environnement
informatique collaboratif pour la capture, l’analyse et le management
des données de chimie et de biologie générées
par les laboratoires de recherche.
Fin 2005, pour accélérer son développement, l’Entreprise
décide de segmenter ses activités en créant de deux départements
:
=> Atragene Research Informatics, pour accompagner les
structures de recherche dans les différentes phases de design, de développement
et de déploiement de solutions informatiques dédiées
à leur processus métiers ;
=> Atragene Conseil, pour l’assistance maîtrise
d’ouvrage, l’assistance technique informatique, la maintenance
réseau, le développement de solutions internet & intranet.
En parallèle, ATRAGENE poursuit une activité importante de R&D,
de veille et d’évaluation de nouvelles technologies.
Pour des solutions informatiques globales, modulaires
et évolutives
« Plus que de technologies, le marché est à la recherche
de solutions technologiques; des solutions globales (logicielle et matérielle),
modulaires et évolutives », remarque M. Guillaume BURTIN,
Responsable Marketing et Commercial d’ATRAGENE.
Très tôt, la société ATRAGENE a donc développé
ses activités à travers une politique de partenariat constructive.
Elle a su fédérer autour du concept de Biointégration®
des partenaires de référence, intégrateurs et constructeurs
de matériel informatique, en mesure de fournir les différentes
briques technologiques (CLE, LIMS, base de données, serveur…)
pour gérer les échantillons et les protocoles expérimentaux,
stocker et analyser les données et les résultats biologiques.
Parmi les partenaires d’ATRAGENE, on trouve :
=> la société Serviware, spécialiste de l’implémentation
d’infrastructures matérielles et leader français de la
mise en place de solutions de calcul intensif ;
=> le groupe Sun Microsystems, grand constructeur américain, qui
par l’intermédiaire d’un des responsables marketing français
Olivier DEPRAZ – soutient ATRAGENE depuis deux ans dans l’organisation
de forums métier et lui donne ainsi les moyens de communiquer sur tout
l’Hexagone. Une dizaine de rencontres se sont d’ores et déjà
tenues sur Paris, Lyon et Toulouse. Le dernier forum pharma/biotech s’est
tenu à Lyon en novembre dernier. Il était consacré à
l’utilisation des nouvelles technologies informatiques (Workflow, SOA…)
pour faciliter l’intégration, le partage et la sauvegarde des
données et des applications métiers en R&D.
A noter également les partenariats engagés par ATRAGENE avec
Accelrys/Oracle pour l’intégration de composants métiers
en chemo-informatique (DS Accord chemistry cartridge, DS accord for Excel…)
ainsi qu’avec la société Klee Group, éditrice de
logiciels, autour de la technologie Kalabie. « Il s’agit d’un
progiciel paramétrable dont une des applications phares est le CLE
», nous explique M. MALPERTUY. « Cette solution a notamment
été déployée dans plusieurs gros laboratoires,
dont les Laboratoires Pierre Fabre, Serono, ou encore, Sanofi-Aventis….
»
ATRAGENE, enfin, a noué des collaborations importantes avec plusieurs
laboratoires académiques sur des problématiques spécifiques
de méthodologie. Citons pour exemples ses relations développées
avec l’équipe de Bioinformatique Génomique et Moléculaire
(INSERM U726) de l’Université Paris 7 pour la conception de chaînes
d’analyses, ou encore, avec le Dr Sophie ROME de l’équipe
« Régulation nutritionnelle de l’expression des gènes
», Unité mixte Inserm/Inra 1235, pour la validation d’approches
bioinformatiques...
Quelques exemples de réalisations concrètes…
Depuis sa création, ATRAGENE a réalisé plus d’une
trentaine de projets pour une vingtaine d’organisations, notamment pour
le Groupe Air Liquide, Novogali Pharma, Nautilus Biotech, Vaxon Biotech, Obetherapy,
Nokad technologie, ou encore, pour le service de génomique fonctionnelle
du CEA…
=> pour Nautilus Biotech, ATRAGENE a travaillé à la conception
et au développement d’une plate-forme collaborative pour la valorisation
de données de protéomique.
=> pour le service de Génomique Fonctionnelle du CEA et l’Institut
de Génétique Humaine de Montpellier, notamment, ATRAGENE a développé
un logiciel et une chaîne d’analyse visant à étudier
les mécanismes de régulation de l’expression des gènes.
A son actif également, la Bioinformation Card : conception et développement
d’une plateforme intégrant plus d’une dizaine de banques
de données (génétique, structure, séquence, médicale,
réseau de gènes…) pour fournir des fiches de synthèse
des connaissances pour chaque gène (chez l’humain) ; avec un
système dynamique, paramétrable en fonction du profil de l’utilisateur.
« Notre équipe se positionne comme un partenaire sur le long
terme, et non comme un simple fournisseur de technologies » souligne
M. BURTIN. L’un des atouts clés de la société réside,
à ce titre, dans sa grande connaissance des métiers des sciences
de la vie. De la génomique à la chimie médicinale, ATRAGENE
est en effet capable d’appréhender le processus métier
de ses clients, et de fournir la solution informatique la plus appropriée
et au meilleur coût.
A travers ses département Research Informatics et Conseil, ATRAGENE
intervient tant pour le compte des grands groupes pharmaceutiques que pour
les sociétés de biotechnologies matures et les start-ups. Conception
de plates-formes collaboratives, création de chaînes d’analyses,
mise en place de portails web, workflow, intégration d’outils
d’analyses et de prédiction… comptent parmi les prestations
qui lui sont les plus demandées.
Fort de son savoir faire technologique et de son expérience dans la
conduite de projet, la société, profitable dès son premier
exercice, enregistre depuis 2003 une croissance de son chiffre d’affaires
facturé de plus de 45 %. L’objectif ambitieux pour l’année
en cours est de doubler le chiffre d’affaires réalisé
en 2005.
Après trois années d’activité, ATRAGENE entend
aujourd’hui conforter ses activités au niveau national, et en
particulier en région Rhône-Alpes où l’implantation
d’un bureau est actuellement à l’étude. A moyen
terme, l’Entreprise souhaite également se tourner vers les pays
européens frontaliers et recruter deux collaborateurs supplémentaires
: un ingénieur commercial et un ingénieur informaticien.
Pour en savoir plus, ATRAGENE vous donne rendez-vous sur le salon EuroBiO,
du 25 au 27 octobre prochains à Paris, et sur EuroCancer, du 27 au
29 juin 2006
SD