Janvier 2008 - n°128
The MathWorks optimise l’analyse des données de biopuces et de spectrométrie de masseEn décembre 2006, nous vous présentions pour la première
fois la société The MathWorks et, tout particulièrement,
son outil de modélisation et d’analyse SimBiology, destiné
au marché de la chimie et des biotechnologies.
C’est aujourd’hui une nouvelle version de la Bioinformatics Toolbox
(3.0), boîte à outils complémentaire de sa plate-forme
MATLAB®, que The Mathworks lance sur le marché français.
Ses nouvelles fonctionnalités permettent notamment d’optimiser
l’analyse des données de biopuces et de spectrométrie
de masse, ouvrant ainsi l’opportunité d’accélérer
les processus de recherche…
L’analyse et la visualisation améliorées
des données de biopuces
La version 3.0 de la Bioinformatics Toolbox propose un ensemble exclusif de
fonctionnalités améliorées d’importation, d’analyse
et de visualisation, particulièrement utiles pour les biologistes et
chercheurs qui travaillent sur les biopuces. Les utilisateurs peuvent ainsi
désormais procéder à des analyses plus précises
des différentes formes de données des biopuces, dont les biopuces
CGH (hybridation génomique comparative sur puces), TILLING (Targeting
Induced Local Lesions IN Genomes), SNP (Single Nucleotide Polymorphims) et
les tableaux d’expression de gènes.
Les améliorations de la Bioinformatics Toolbox donnent aux laboratoires
la possibilité de normaliser et de nettoyer les données de biopuces,
de calculer l’expression de gènes, ou encore, d’effectuer
une segmentation binaire circulaire et l’estimation du taux de fausses
découvertes. Cette version 3.0 intègre également des
outils de visualisation permettant aux utilisateurs de tracer des idéogrammes
chromosomiques en bande G.
… et pour la spectrométrie de masse :
La boîte à outils Version 3.0 inclut par ailleurs une nouvelle
fonctionnalité pour l’analyse des données de spectrométrie
de masse ; une fonctionnalité qui permet l’alignement des
spectres de masse de plusieurs listes de pics provenant de jeux de données
LC/MS ou GC/MS.
The MathWorks propose également des améliorations dans d’autres
domaines tels que la théorie des graphes et l’analyse de séquences.
Les chercheurs peuvent alors exploiter ces fonctionnalités de visualisation
de pointe pour déterminer et afficher les chemins les plus courts dans
des graphes, tester les cycles dans un graphe orienté ou identifier
un isomorphisme entre deux graphes. Les nouvelles possibilités d’analyse
de séquences offrent des outils permettant par exemple d’estimer
et de visualiser les diagrammes de structure secondaire d’une séquence
ARN.
« The MathWorks a pour ambition d’accompagner l’évolution
des besoins de ses clients spécialistes des sciences du vivant en ajoutant
constamment des fonctions sophistiquées à son ensemble puissant
de logiciels pour la bioinformatique », indique Kristen ZANNELLA,
responsable du marketing pour les biotechnologies et l’industrie pharmaceutique,
chez The MathWorks. « Grâce à la Bioinformatics
Toolbox 3.0, les chercheurs peuvent désormais exploiter la puissance
inégalée de MATLAB pour accélérer et rendre plus
précise la compréhension des données de biopuces et des
données de spectrométrie de masse… »
À propos de The MathWorks
Rappelons que la société The MathWorks a choisi Natick, près
de Boston aux États-Unis, pour y installer son siège social.
Fondée en 1984, elle compte aujourd’hui plus de 1 800 personnes
dans le monde. Elle est implantée en France, en région parisienne,
à Meudon (92).
The MathWorks s’impose au premier rang mondial des éditeurs de
logiciels de modélisation et calcul scientifique pour les ingénieurs,
chercheurs et enseignants. Forte d’une gamme complète de produits
basée sur sa plate-forme MATLAB®, The MathWorks propose des logiciels
et services capables de résoudre des problèmes ardus et d’accélérer
l’innovation dans des domaines aussi variés que l’automobile,
l’aérospatiale, les services financiers, les biotechnologies,
l’instrumentation, et bien d’autres encore…
Depuis 20 ans, l’Entreprise commercialise ainsi dans le monde entier
sa plate-forme MATLAB®, hautement polyvalente et adaptée à
un large panel d’applications (traitement d’images, analyse de
données, filtrage…). La nouvelle version de sa Bioinformatics
Toolbox permet aux bioinformaticiens et aux chercheurs scientifiques d’être
plus performants pour l’exploration des idées, le prototypage
de nouveaux algorithmes et la construction d’applications dans de larges
domaines : de la recherche pharmaceutique, à l’ingénierie
génétique, en passant par divers autres projets génomiques
et protéomiques…