Janvier 2000 - n°44
GENO*™: un consortium français pour le développement d'une plate-forme informatique de génomique exploratoire
L'Institut Pasteur, l'INRIA, les sociétés Hybrigenics et GENOME Express ont annoncé mi-décembre 99 la naissance du consortium français de bio-informatique, Geno*™ (Genostar), dont l'objectif est de concevoir et développer une plate-forme modulaire de génomique exploratoire.
La génomique produit des données nombreuses, complexes et de nature variée (séquences, localisation des gènes, données sur l'expression des gènes, protéines...). L'exploitation de ces informations qui doit déboucher sur l'analyse de la fonction des gènes, nécessite des outils permettant de représenter ces données, de les recouper, de les organiser et de les comparer.
Dans ce contexte, le consortium Geno*™ a été créé pour concevoir et développer des systèmes informatiques qui permettront de décrire et d'analyser les gènes et les protéines ainsi que les relations qui les associent. Les diverses applications spécialisées, intégrées à ce système, offriront des stratégies d'analyse et constitueront des outils pour la caractérisation de la fonction des gènes et la définition de nouvelles cibles d'intérêt thérapeutique.
Capable de gérer un grand nombre d'informations de nature différente, Geno*™ ira plus loin que la plupart des environnements actuellement disponibles, uniquement dédiés à l'analyse du génome et à l'identification de gènes. En permettant de replacer les informations biologiques dans le contexte global de fonctionnement de la cellule, la plate-forme Geno*™ permettra d'identifier des informations cruciales non seulement pour la recherche fondamentale mais aussi pour l'industrie pharmaceutique (recherche de nouveaux médicaments) et agro-alimentaire (identification de variétés de plantes plus résistantes et plus productives).
L'expertise biologique - notamment dans le domaine microbien - et les technologies logicielles sur lesquelles se fonde la plate-forme Geno*™ lui assurent une puissance, une souplesse d'utilisation et une adaptabilité unique à ce jour sur le marché émergent des environnements intégrés de bio-informatique. Conçue pour tirer le meilleur parti des nouvelles sources d'informations biologiques à haut débit (puces à ADN, techniques protéomiques...), les croiser et les analyser conjointement, elle ouvre en particulier la voie à de nouvelles techniques d'analyse post-génomique.
La modularité du système lui permettra d'intégrer facilement et rapidement de nouvelles catégories de données, de nouvelles méthodes d'analyse et de nouvelles applications, éventuellement apportées par de nouveaux partenaires.
Le consortium prévoit de commercialiser les produits de ses développements auprès des laboratoires pharmaceutiques et des sociétés de biotechnologie. Un accès privilégié à une version de base de la plate-forme sera également proposé aux laboratoires publics à des fins de recherche interne.
A propos de GENOME express...
GENOME express, société de biotechnologie, a, depuis 5 ans, développé son activité dans l'analyse des génomes.
Elle offre ainsi aujourd'hui un ensemble de services et de produits comprenant les banques d'ADN, le clonage et sous-clonage, le séquençage d'ADN, le génotypage, les oligonucléotides. Demain la bioinformatique et l'analyse différentielle de l'expression des gènes (transcriptome) feront partie des services et produits proposés.
L'entrée, en Mars dernier, de 3i au capital de GENOME express, lui a permis de renforcer son plateau technique permettant à ses clients "l'outsourcing" partiel ou complet de leurs projets. De grands instituts français ainsi que des sociétés privées ont déjà choisi cette alternative.
Dans un avenir proche, GENOME express fera à nouveau appel aux investisseurs afin de consolider sa position dans chacun des domaines énumérés précédemment, et de s'impliquer, sur la base de son savoir-faire et de ses compétences, sur des thématiques d'intérêt pharmaceutique ou agro-alimentaire.
www.genomex.com
A propos d'Hybrigenics...
Hybrigenics (http://www.hybrigenics.fr) est une société de biotechnologie spécialisée dans la protéomique fonctionnelle appliquée à la découverte de nouvelles molécules d'intérêt thérapeutique, cosmétique ou végétal.
A partir de méthodes biologiques de criblage automatisé et d'outils bio-informatiques qu'elle a spécialement conçus, la société construit des cartes d'interactions protéiques (PIMs®). Ces cartes, dans une interface graphique interactive, présentent les protéines dans leurs voies biologiques respectives et établissent leur fonction dans la cellule permettant ainsi la découverte de nouvelles cibles. Les premiers programmes développés par Hybrigenics concernent la validation de nouvelles cibles et de molécules thérapeutiques dans le domaine des maladies infectieuses et du cancer.
Fondée en 1997, la société a été financée à hauteur de 66 millions de francs par Apax Partners & Cie (France), Auriga (France), IMH (Allemagne) et HealthCap (Suède).
A propos de l'INRIA...
L'Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique, institut de recherche fondamentale et appliquée, s'implique dans tous les domaines où interviennent les Sciences et Technologies de l'Information et de la Communication (STIC). L'INRIA accueille dans ses cinq unités de recherche situées à Rocquencourt, Rennes, Sophia Antipolis, Grenoble et Nancy environ 2100 personnes, dont plus de 1300 scientifiques (INRIA et externes).
L'INRIA joue un rôle déterminant dans 4 domaines de la recherche : réseaux et systèmes ; génie logiciel et calcul homme-machine, images, données, connaissances ; simulation et optimisation de systèmes complexes.
L'INRIA développe de nombreux partenariats avec le monde industriel et favorise le transfert et la création d'entreprises (40) dans le domaine des STIC, notamment au travers de sa filiale INRIA-Transfert, promoteur du fonds d'amorçage I-Source Gestion. Conjointement avec le MIT/LCS pour l'Amérique et l'Université de Keio pour l'Asie, l'INRIA pilote en Europe le Consortium World Wide Web (W3C), chargé de développer des protocoles communs pour l'évolution du World Wide Web. Le W3C est actuellement présidé par un directeur de recherche de l'INRIA.
Pour en savoir plus: http://www.inria.fr
L'Institut Pasteur et la génomique
Permise par les progrès des biotechnologies et de l'informatique, la génomique vise à dresser un inventaire de l'ensemble des gènes d'un organisme (génome), puis à étudier la fonction de ces gènes et leurs interactions. La toute première étape consiste à obtenir l'intégralité du patrimoine génétique d'un organisme : sa séquence génomique. Mais le séquençage global d'un génome n'est pas une fin en soi. Reste ensuite à caractériser la fonction des milliers de gènes séquencés. C'est la génomique fonctionnelle.
Plusieurs équipes de l'Institut Pasteur spécialisées dans l'étude d'organismes modèles ou pathogènes se sont engagées dans le séquençage complet des génomes de ces organismes et dans l'exploration à grande échelle de la structure et de la fonction de leurs gènes. Depuis septembre 1999, l'Institut Pasteur fait partie du réseau national de génopôles lancé par le ministère de l'Education nationale, de la Recherche et de la Technologie.
Dès les années 80, plusieurs chercheurs de l'Institut Pasteur ont entrepris le séquençage de génomes viraux, fournissant les premières séquences totales d'un papillomavirus humain (1981), du V.I.H. 1 (1985), et du virus de la rage (1988).
Dans les années 90, l'Institut Pasteur a joué un rôle majeur dans le séquençage des génomes de deux organismes modèles - la levure de boulangerie Saccharomyces cerevisiae et la bactérie Bacillus subtilis -, et d'un agent pathogène, Mycobacterium tuberculosis, le bacille de la tuberculose.
Différentes équipes du campus sont actuellement impliquées dans le séquençage des génomes d'une quinzaine d'organismes présentant un intérêt scientifique, médical ou biotechnologique ( 4 souches du virus de la dengue, virus West-Nile, Mycoplasma pulmonis, Listeria monocytogenes, Listeria innocua, Yersinia pseudotuberculosis, Mycobacterium leprae, Mycobacterium bovis, Mycobacterium bovis BCG, Photorhabdus luminescens, levures, Aspergillus fumigatus, Dictyostelium discoideum, Anopheles gambiae).
La création à l'Institut Pasteur, en février 1998, du Laboratoire de Génomique des Micro-organismes Pathogènes, équipé pour le séquençage à grande échelle, a contribué au développement de ces projets. Plusieurs d'entre eux sont également menés en collaboration avec différents organismes, en France (Génoscope d'Evry) ou à l'étranger.
Au-delà du séquençage, des études axées sur l'analyse fonctionnelle systématique de plusieurs génomes (Helicobacter pylori, Bacillus subtilis, Yersinia pestis, Mycobacterium leprae, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium bovis, Mycobacterium bovis BCG, Saccharomyces cerevisiae, Candida albicans, Aspergillus fumigatus) sont en cours à l'Institut Pasteur.
Ce travail considérable d'exploration et d'analyse des données obtenues par le séquençage ne peut se faire sans l'élaboration d'outils sophistiqués, biotechnologiques et informatiques, dont certains sont mis au point par des équipes pasteuriennes.
La post-génomique (protéomique) se développe également à l'Institut Pasteur. Une start-up, Hybrigenics, a notamment été lancée en 1998, grâce à une technologie (procédé de construction de cartes d'interaction protéine-protéine à l'échelle génomique) élaborée par une équipe pasteurienne, et l'applique aujourd'hui à plusieurs micro-organismes.
Aujourd'hui, les projets de séquençage et de post-séquençage foisonnent dans les laboratoires de l'Institut Pasteur. Parallèlement à l'étude de génomes entiers, de nombreuses équipes développent des approches génomiques partielles tant sur des micro-organismes que sur la souris ou l'homme. Dans toutes les disciplines, de la virologie à la génétique humaine, de la biologie du développement à l'immunologie, en recherche appliquée ou en recherche fondamentale, un nombre croissant de chercheurs pasteuriens utilisent et élaborent des stratégies, des données ou des outils génomiques.
Le développement de cette " biologie à grande échelle " devrait considérablement accélérer l'avancée des connaissances et permettre la découverte de méthodes diagnostiques plus performantes, l'identification de nouvelles cibles thérapeutiques et la mise au point de vaccins.
Contacts :
GENOME express
Yves Laurent
Hybrigenics
Céline Goupil
INRIA
Christine Genest
Institut Pasteur
Nadine Peyrolo