Novembre 2000 - n°52
IPSOGEN : une société spécialisée dans la conception de Biopuces
Fondée en septembre 1999, IPSOGEN est une société de biotechnologies spécialisée dans la conception de biopuces. Elle est dirigée par Vincent FERT (fondateur et Président Directeur Général), Stéphane DEBONO (Fondateur et Directeur Adjoint, Responsable Bioinformatique) et Fabienne HERMITTE (Fondateur et Responsable biologie moléculaire). IPSOGEN est installée sur le campus du parc scientifique de Luminy (Marseille) et bénéficie donc de la proximité directe des laboratoires constituant la Génopole de Marseille.
Les scientifiques d'IPSOGEN sont des pionniers des approches génomiques. Initialement centrée sur des applications en oncologie, la plate-forme technologique mise en place par IPSOGEN sera le support de développement de méthodes innovantes de diagnostic du cancer, d'activités de services et de partenariats.
Les appuis scientifiques
Pour développer ses projets, IPSOGEN s'appuie sur l'expertise des scientifiques Cathy Nguyen et Rémi Houlgatte (tous deux co-directeurs de l'équipe TAGC du Centre d'Immunologie de Marseille Luminy), Daniel Birnbaum (Institut Paoli-Calmettes et INSERM U119), Daniel Baty (CNRS, Laboratoire d'Ingénierie des anticorps), et Jean Gabert (Université de la méditerranée).
Les Objectifs d'IPSOGEN
3 objectifs ont été clairement définis pour l'exploitation de la plate-forme technologique de la société :
- développer des méthodes propriétaires de diagnostic en oncologie,
- développer de la R&D en partenariat,
- fournir des prestations de services
La plate-forme technologique
cette plate-forme technologique, développée et adaptée aux objectifs de la société, comprend :
¸ Une technologie de biopuces ultra-sensible qui fournit, pour chaque gène analysé, des résultats quantitatifs et exprimés en valeurs absolues,
¸ Des technologies de traitement de l'information spécialement adaptées aux mesures d'expression (le système bioinformatique ELOGE).
Les biopuces
La technologie de biopuces d'IPSOGEN est quantitative et ultra-sensible. Elle permet de réaliser des profils d'expression à partir d'échantillons de taille limitée. Les biopuces d'IPSOGEN sont des supports miniaturisés en Nylon sur lesquels sont implantés de plusieurs centaines à plusieurs milliers de séquences d'ADN. Chaque dépôt, représentant un gène, est repéré de façon spatiale. L'échantillon, sous forme d'une préparation d'ADNc marquée, est déposé sur la puce. Pour chaque gène, une réaction d'hybridation spécifique a lieu. Cette réaction spécifique est détectée grâce au signal (radioactif) qui est numérisé à l'aide d'un scanner. Les valeurs obtenues permettent de quantifier précisément le niveau d'expression de chaque gène.
Les biopuces d'IPSOGEN permettent de réaliser des profils d'expression à partir de seulement 500 000 cellules. Les biopuces standards nécessitent 10 à 50 fois plus de matériel. IPSOGEN développe des méthodes d'amplification de l'échantillon dépourvues de biais qui permettront de réaliser des mesures à partir de moins de 10 000 cellules.
IPSOGEN développe des biopuces thématiques initialement dans les domaines de l'oncologie et de l'immunologie puis à terme en neurologie.
La bioinformatique
IPSOGEN développe un système bioinformatique, ELOGE (Environnement LOgiciel pour la Génomique fonctionnellE), pour gérer l'information issue des biopuces et permettre d'identifier des signatures transcriptionnelles spécifiques qui seront exploitées pou r le diagnostic.
La protéomique
En collaboration avec l'équipe du Laboratoire d'Ingénierie des Anticorps (LISM-CNRS) à Marseille, IPSOGEN développe un concept de sélection automatisée de ligands spécifiques (représentés par des fragments d'anticorps ou de peptides) afin de faciliter la caractérisation des protéines.
Produits, partenariats et services
Les biopuces à visées diagnostiques
L'objectif d'IPSOGEN est de commercialiser des biopuces à visées diagnostiques pour les leucémies et le cancer du sein.
Partenariats
Les partenariats, conduits avec l'industrie bio-pharmaceutique, sont réservés aux projets de conception de biopuces ayant un potentiel important dans le domaine du diagnostic ou du développement pharmaceutique (validation de gènes cibles, toxicogénomique, contrôle in process).
Services
Ces prestations sont réalisées auprès des industries bio-pharmaceutiques ou des laboratoires publics à partir de tout ou partie de la plate-forme technologique d'IPSOGEN :
¸ Synthèses à grande échelle de produits PCR "microarray grade",
¸ Fabrication de lots de biopuces à façon,
¸ Réalisation de mesures ultra-sensibles,
¸ Sélection de gènes et clones et interprétation des résultats à l'aide du système bioinformatique ELOGE.
Après une 1ère phase de mise en route et de validation de sa plate-forme technologique, IPSOGEN a déjà engagé des relations commerciales avec
¸ TROPHOS (réalisation de biopuces permettant de qualifier des cultures primaires de neurones),
¸ EXONHIT (production de biopuces pour l'évaluation de la toxicité),
¸ GALDERMA R&D (partenariat pour la mise au point d'une technologie de protéomique).
Soutenue par l'ANVAR pour ses programmes de R&D biopuces et protéomique, IPSOGEN entend bien poursuivre son développement en s'appuyant sur des investisseurs privés. Un challenge à la mesure du dynamisme et de la compétence des collaborateurs de la jeune société ; A suivre...
Contact :
Vincent Fert
IPSOGEN
Parc Scientifique de Luminy case 915,
Marseille cedex 9