Novembre 2001 - n°62
Gene-IT
La bioinformatique au sommet
La compétitivité scientifique et commerciale de la bio-industrie réside principalement dans sa capacité à traiter rapidement la production à grande échelle de données génomiques. C’est ce constat qui a conduit M. Jean-Jacques CODANI et Eric GLEMET à créer la société Gene-IT en 1998.
Objectif premier : promouvoir LASSAP (Large Scale Sequence compAraison Package), un puissant logiciel de comparaison de séquences grâce auquel est notamment possible l'annotation automatique du génome.
Gene-IT ou l'histoire d'un transfert de technologie réussi
Si Gene-IT impose aujourd’hui son excellence technologique sur le marché international de la bioinformatique, la conception de la technologie LASSAP remonte quant à elle à plusieurs années.
Au début des années 90, Jean-Jacques CODANI, spécialiste du calcul haute performance à l'INRIA (Institut National de la Recherche en Informatique et en Automatique), participe au projet de cartographie physique du génome humain, au sein des laboratoires du Généthon. Le succès de ces travaux conduit l'INRIA à lui confier fin 93 l'animation d'un groupe de bioinformatique, l'action Génome.
M. CODANI entrevoit alors les immenses besoins émergents en analyse de séquences pour l'industrie du vivant.
L'action Génome, menée dès sa création avec une volonté de transfert technologique, conduit au développement de LASSAP, en parallèle de la soutenance de trois thèses de doctorat, dont celle d'Eric GLEMET, le développeur du logiciel.
Grâce aux liens étroits entretenus avec les milieux académiques - le Génoscope, l'EBI (European Bioinformatics Institute) -, aux travaux menés avec d'éminents biologistes -dont le Pr P. SLONIMSKI, l'un des pères de la biologie moléculaire française-, au soutien du GREG, de l'ANVAR et de l'Europe, et grâce au partenariat "historique" avec SUN MICROSYSTEMS, la première version "allégée" de LASSAP est disponible gratuitement sur le Net dès 1997.
Le succès est au rendez-vous : les biologistes sont convaincus par les puissantes capacités d'exploitation que leur offre LASSAP. Après avoir acquis les droits de commercialisation de LASSAP auprès de l'INRIA, Jean-Jacques CODANI et Eric GLEMET fondent Gene-IT le 1er janvier 1998.
Depuis sa création, Gene-IT est une société rentable.
Tout en ciblant soigneusement ses clients, Gene-IT conclut positivement son premier exercice, en juin 99. Le second (juin 2000) se solde par la signature de contrats récurrents avec de grandes industries en France et à l'international ; le chiffre d'affaires progresse de 70%.
Soulignons qu'en mai 2000, Gene-IT a contribué aux travaux du Génoscope, qui ont conduit à l'estimation, aujourd'hui validée, du nombre de gènes humains, à savoir entre 28 000 et 34 000.
En septembre 2000, afin d'accélérer la croissance et permettre à Gene-IT de renforcer rapidement son équipe, la SGAM (Société Générale Asset Management) investit 7 MF dans le capital de la société.
LASSAP : une technologie ouverte "sur-mesure"
La technologie LASSAP, développée par GENE-IT, est universelle et polyvalente. Fondée sur l'homogénéité et l'intégration des systèmes de calcul, elle est unique.
C'est la seule aujourd'hui qui regroupe toutes les fonctionnalités indispensables pour répondre très rapidement aux besoins d'analyses à grande échelle, auxquels sont confrontés les responsables de programmes de recherche en génomique.
LASSAP, logiciel de comparaisons de séquences, permet en effet aux scientifiques de se concentrer sur leur stratégie d'analyse ; ils gagnent un temps considérable en mettant fin aux méthodes de calcul lourdes et hétérogènes. Ainsi des chaînes d'analyse complexes peuvent être élaborées très rapidement.
Algorithmes, séquences, résultats, flux de contrôle… tous ces composants communiquent entre eux à haut débit et sont manipulables facilement. Ils génèrent rapidement des informations nouvelles, sélectives, triées et ouvrent ainsi des perspectives de recherche jusqu'alors inexploitées.
Ajoutons que la technologie Gene-IT n'est pas liée à un hardware spécialisé, ni à constructeur particulier. Elle est portable, déployable sur toute plate-forme Unix, sur une seule station ou sur des serveurs multiprocesseurs. D'où, des performances optimales alliées à une flexibilité logicielle.
LASSAP se révèle ainsi comme l'un des logiciels les plus puissants et les plus performants pour tout acteur - biologiste ou informaticien - devant tirer profit de l'information génomique. Différents types de licences logicielles sont disponibles, en réponse aux besoins de chacun : intégration de LASSAP dans un système informatique déjà présent, ou non ; installation sur une seule station Unix ou sur un réseau de serveurs multiprocesseurs….
Les connaissances et le savoir-faire de Gene-It font le reste, qu'il s'agisse d'adapter le logiciel à une demande plus spécifique ou d'accompagner les utilisateurs dans l'intégration de LASSAP, qualifié par certains de "rupture technologique". Plusieurs contrats d’accompagnementr sont proposés :
* la "maintenance évolutive", associée à la Licence du logiciel, fournit à l'utilisateur un support permanent : assistance, corrections d'erreurs, mise à jour des nouvelles versions
* le "consulting package" : au-delà de la maîtrise du logiciel, ce service peut se traduire par une aide à la définition et à la mise en place de la stratégie que le client désire déployer
Une approche personnalisée qui met LASSAP à la portée de toutes les sociétés, impliquées dans la biologie du vivant, qu'il s'agisse du génome humain, des génomes animaux, végétaux ou bactériens. Sont, en particulier, directement concernés :
- les industries pharmaceutiques, agroalimentaires et du diagnostic,
- les grandes sociétés de génomique et de biotechnologie,
- les centres de recherche académiques.
Ils ont adopté LASSAP
"Avec LASSAP, notre département bioinformatique gagne un temps considérable pour les comparaisons de bases de données volumineuses… LASSAP nous a ouvert de nouveaux champs de recherche, qu'il nous aurait été inconcevable d'explorer aussi vite avec un autre outil", déclare M. Denis BAYADA, senior Research Scientist des Laboratoires Organon, Pays-Bas.
"Nous avons suivi l'évolution de LASSAP depuis sa conception dans les laboratoires de l'INRIA… C'est un outil puissant, dont l'aspect "révolutionnaire" se situe au niveau de l'exploitation des résultats obtenus", complète M. William SAURIN, Directeur informatique du Génoscope, Centre français du séquençage, Evry.
"Nous utilisons LASSAP pour des comparaisons de séquences à grande échelle, principalement des protéines de plantes, des banques génomiques…", explique M. Antoni RAFALSKI, Research Scientist, DuPont Agricultural Biotechnology, USA. "Nous pouvons ainsi comparer des centaines de banques entre elles, ce que nous ne pourrions pas faire efficacement sans LASSAP. "
Nombreux sont les utilisateurs de LASSAP qui témoignent ouvertement des avantages que leur procure le logiciel et ceci, pour des applications particulièrement variées :
A noter que l'équipe Gene-IT collabore aujourd'hui étroitement avec l'Institut de Génétique Humaine (Montpellier, CNRS) et l'AFM sur un projet de recherche soutenu par le Ministère et le réseau GenHomme : la caractérisation de gènes inconnus impliqués dans les maladies neuro-musculaires.
Dans le cadre de ce programme, d'un montant de 6 MF, Gene-IT vise à améliore la puissance de calcul haute performance de LASSAP. Son expertise se trouve ainsi renforcée et va permettre de donner le jour à une cartographie du génome humain par la séquence.
Des perspectives prometteuses dans un environnement à forte croissance
Les perspectives de développement de Gene-IT sont indéniablement associées à la progression rapide du marché de la bioinformatique. Forte de la technologie unique de LASSAP et de ses premiers résultats, Gene-IT entend consolider ses parts de marché en Europe par un développement soutenu auprès des grands centres de recherche privés et publics impliqués dans la biologie du vivant.
La réputation et l'expertise de son équipe ayant déjà franchi l'Atlantique, la société va, dans un deuxième temps, étoffer sa clientèle sur le marché américain, appuyée dans cette démarche par la SGAM.
Tout en privilégiant la vente de logiciels et de services, Gene-IT évalue d'autres modèles de croissance : mise à disposition de LASSAP via un modèle ASP (Application Service Provider), vente directe d'information génomique stratégique… Le renforcement des équipes de biologistes et d'informaticiens constitue également l'une des priorités du management de Gene-IT.
Contact :
GENE-IT
147, av. Paul Doumer — 92500 Rueil-Malmaison