Janvier 2002 - n°64
L’E.S.I.T.P.A. équipe ses laboratoires de recherche d’une nouvelle technologie : la PCR quantitative
Rouen, 7 novembre 2001, 11h : l’Ecole Supérieure d’Ingénieurs et de Techniciens Pour l’Agriculture (E.S.I.T.P.A.) inaugure un nouveau matériel destiné à la recherche et à l’enseignement : un appareil de PCR quantitative Biorad.
C’est avec l’appui financier d’EDF et de son réseau de transfert technologique, NOVELECT, que l’E.S.I.T.P.A. a eu l'opportunité d'acquérir cet équipement de pointe.
Un soutien très significatif de la part du groupe EDF qui s’inscrit dans une stratégie de partenariat clairement définie. " Notre groupe a engagé, de longue date, des collaborations étroites avec les Ecoles d’ingénieurs ", explique M. LEGRIS, Délégué Régional EDF. " Il s’est aujourd’hui fixé pour objectif de favoriser le développement des applications électriques innovantes ".
L’investissement de l’E.S.I.T.P.A. en PCR quantitative répond en tout point à cet objectif ; d’autant plus que cette technologie sera mise en œuvre dans le but d’optimiser la qualité de l’environnement. Une priorité également essentielle pour EDF qui entend se positionner comme leader mondial sur le plan du développement durable.
Retombées immédiates en terme de Recherche pour l’E.S.I.T.P.A. : l’approfondissement des études conduites sur l’écologie microbienne de l’environnement, et tout particulièrement des sols, sur l’application des biotechnologies en agriculture ou encore sur la qualité sanitaire des aliments.
Présentation de cette Ecole dont l'enseignement s'appuie depuis plusieurs années sur une véritable dynamique de recherche, et gros plan sur le laboratoire BIOSOL qui, parmi les 4 pôles de recherche de l’E.S.I.T.P.A., s'impose comme le principal utilisateur de la PCR quantitative.
L’E.S.I.T.P.A., à l’interface entre recherche fondamentale, transfert technologique et application agronomique
Ecole Supérieure d'Ingénieurs et de Techniciens Pour l'Agriculture, l’E.S.I.T.P.A. est implantée en Haute-Normandie, sur deux sites distants de quelques dizaines de kilomètres : le premier à Val de Reuil où se déroule la formation générale, et le second à Rouen regroupant les laboratoires de recherche et les deux dernières années.
Cet établissement, dont les origines remontent à 1919, s'est fixé pour mission de former des ingénieurs de haut niveau pour le développement de l'agriculture et de ses secteurs d'activités qui lui sont rattachés. Parmi les principaux domaines où exercent ses diplômés : l'industrie agroalimentaire, les organisations professionnelles agricoles, la distribution, mais aussi la R&D et l'enseignement, l'industrie chimique, l'environnement et l'aménagement du territoire.
Une des préoccupations principales de l’E.S.I.T.P.A. est d'enrichir l'enseignement et la formation des futurs ingénieurs par des travaux de recherche en partenariat avec la communauté scientifique régionale et nationale, l'industrie, les acteurs de l'agriculture durable et de l'environnement.
" La recherche fondamentale doit conduire au développement de recherches finalisées liées à nos problématiques ", souligne M. Paul DENIEUL, Directeur de l’Ecole. " Une école d'ingénieurs en agriculture doit en effet pouvoir se situer à l'interface entre les préoccupations de la recherche fondamentale et la vulgarisation de ses résultats, à travers le transfert de technologie et les applications agronomiques de terrain. "
l’E.S.I.T.P.A. possède déjà de solides compétences à valoriser et entend acquérir celles qui lui semblent nécessaires pour atteindre ses objectifs.
C'est en 1998 qu'est initiée l'activité Recherche de l’E.S.I.T.P.A.. Quatre laboratoires sont alors créés :
- l'unité de Biométrie (statistique fondamentale et appliquée), axée sur l'"Estimation non paramétrique de la fonction de hasard".
- l'Economie rurale, dont les recherches portent sur l'utilisation du territoire, les politiques agricoles et les stratégies d'adaptation des exploitants agricoles aux différentes réformes.
- le pôle Génie des Matériaux de l'aliment, centré sur la valorisation non alimentaire de molécules carbonées d'origine agricole, extraites par exemple de la farine de blé ou de l’amidon modifié. De nouvelles propriétés physico-chimiques sont développées dans l'optique de produire de nouveaux biopolymères à applications non alimentaires, comme l'enrobage ou l'encapsulation de matières actives phytosanitaires.
- le Laboratoire BIOSOL dont les travaux actuels sont centrés sur la mise au point de bioindicateurs de la qualité des sols.
Près de 30 personnes — enseignants-chercheurs, post-doc, doctorants, techniciens et stagiaires - collaborent au sein de ces entités de recherche. De nombreux partenariats sont développés avec l'industrie comme avec la recherche académique locale et nationale : le Laboratoire de Microbiologie Du Froid de l'Université de Rouen, le Centre Commun de Microscopie Electronique, l'INRA d'Orléans, de Versailles, l'INA-PG, le laboratoire PBM de Rouen (UMR 6522 CNRS), les Chambres d'agriculture, l'APCA, l'ACTA, les Grand Moulins de Paris, Novartis, Novelect…
BIOSOL : la Microbiologie des Sols
Depuis sa création, le laboratoire BIOSOL étudie la biodiversité et la qualité des sols en vue de la mise au point de bioindicateurs. Au centre de ses travaux actuels : la caractérisation des communautés microbiennes des sols, l’étude des associations organo-minérales ainsi que l’analyse de leurs conséquences sur la fertilité des agro-systèmes et sur la dynamique des matières organiques des sols.
Le parc instrumental du laboratoire BIOSOL, en adéquation avec ses objectifs de recherche, associe les équipements les plus variés :
- tamiseuse à jet d’eau, broyeur, pénétrographe, presse à plaque, analyseur de CO2, pour l’étude des sols
- spectrophotomètres UV/visible, chromatographes HPLC et CPG, spectrophotomètre de flamme, polarimètre, appareil Buchi, réfractomètre, pour l’analyse chimique
- matériel de microbiologie traditionnelle et de biologie moléculaire : fermenteurs, centrifugeuses, équipement pour électrophorèses d’ADN, FastPrep pour extraction d’ADN, analyseur d’images, autoclave, thermocycleurs PCR, chambre de culture lumineuse, système Biolog‘ …
Un champ technologique qui s’enrichit encore aujourd’hui, avec le soutien d’EDF et de son réseau NOVELECT, par l’acquisition de l’équipement de PCR quantitative Biorad.
" La maîtrise de cet outil doit permettre de répondre à l’ensemble des thématiques que le laboratoire BIOSOL désire développer ", commente M. J.M. LLORENS, responsable de la Recherche au sein de l’E.S.I.T.P.A..
Et ceci, qu’il s'agisse de :
1/ Recherche à caractère fondamental, comme la compréhension du fonctionnement biologique des sols, la détermination du rôle des micro-organismes dans la dynamique du carbone…
2/ Recherche à caractère finalisé, notamment la recherche de bio-indicateurs de la qualité des sols, la recherche de l’effet des perturbations liées aux itinéraires techniques sur cette qualité (ajout de fertilisants chimiques, ajouts de différents types de boues, travail du sol…)
3/ Recherche appliquée, telle que l’estimation de la valeur seuil en pathogène induisant des maladies sur les cultures (pomme de terre ou pois), la détermination de la qualité sanitaire d’un produit ou enfin l’établissement d’un label garantissant l’absence d’OGM.
De la recherche fondamentale à l’application agronomique, la PCR quantitative constituera donc désormais un outil incontournable pour le laboratoire BIOSOL. En parallèle, l’E.S.I.T.P.A. entend présenter cette technique aux élèves ingénieurs dans le cadre de travaux pratiques, et la mettre à disposition des industriels en développant une réelle activité de prestation de services.
Notons, enfin, que cet outil de PCR quantitative vient en complémentarité du système Biolog‘ lecteur de microplaques et logiciel d’identification des micro-organismes, récemment acquis par le laboratoire BIOSOL et actuellement en développement sur des applications agro-environnementales. Il permet à la fois l’identification des micro-organismes (bactéries, levures…) et l’analyse de la biodiversité fonctionnelle de divers échantillons (eau, sols, boues, composts…).
" La synergie de ces différentes approches, qualitatives et quantitatives, permettra de donner des éléments de réponses pertinents, en offrant une alternative aux outils traditionnels développés en microbiologie ", ajoute Mme Karine LAVAL, enseignant-chercheur au sein de l’unité BIOSOL.
La légitimité d'une Recherche de haut niveau au sein de l’E.S.I.T.P.A. n'est plus à démontrer et, tous les moyens ont été mis en place pour en permettre le développement harmonieux. Dans ce cadre, sept nouveaux collaborateurs (5 enseignants-chercheurs et 2 techniciens) ont d’ailleurs été recrutés en 4 ans. Les objectifs 2002 de l’E.S.I.T.P.A., annoncés par M. DENIEUL, sont des plus clairs : " doubler les moyens humains et les investissements matériels affectés à la recherche… "
Pour en savoir plus :
Martine LECOCQ, responsable communication de l’ESITPA
Laboratoire BIOSOL