Janvier 2006 - n°106
ESTBB, l’Ecole Supérieure de Technologie des Biomolécules de Bordeaux
Placée sous la direction du professeur Marc BONNEU, l’ESTBB
est l’une des composantes de l’Université Victor Segalen
- Bordeaux 2. Son objectif est la formation d’ingénieurs diplômés
ayant une connaissance approfondie en Biotechnologie des Biomolécules
d’intérêt industriel.
L’Ecole Supérieure de Technologie des Biomolécules de
Bordeaux a été créée en 1994, afin de répondre
aux besoins nationaux et internationaux de la filière production, purification,
et caractérisation de biomolécules à haute valeur ajoutée.
Nous avons notamment développé une plateforme technologique
permettant d’axer notre recherche et notre enseignement sur la production,
la purification et la caractérisation de protéines recombinantes.
Structure ouverte et évolutive, l’ESTBB développe des
relations privilégiées avec le secteur industriel, régional,
national et international, avec lequel elle a instauré un authentique
partenariat.
Depuis la création de l’école, les activités d’enseignement
et de recherche y sont développées conjointement. En associant
ces deux champs, l’ESTBB constitue une interface entre l’Université
et l’Industrie, participant ainsi au développement des biotechnologies
et aux retombées économiques liées à l’innovation.
Des installations performantes et un équipement
très diversifié
L’ESTBB occupe une superficie de 567 m2 répartie selon
les thématiques de recherche suivante :
- production de biomolécules à usage thérapeutique,
- développement de procédés innovants en biochromatographie
- développement d’approches de génomique fonctionnelle
L’école compte aujourd’hui une équipe de 16 enseignants
chercheurs, 3 secrétaires et techniciennes et 104 élèves
ingénieurs.
Pour mener à bien ses missions et recherches, l’ESTBB utilise
divers type de matériel sur les plateformes suivantes :
- Plateforme de biochromatographie : Automates de purification (Amersham Biosciences),
1 FPLC, 1 Biopilot, 2 Gradifrac, 1 Sonicateur …
- Plateforme transcriptome / biologie moléculaire: 2 thermocycleurs
96 puits, (Biorad, icycler), 1 analyseur image / fluorescence, (Biorad, Fluor-S
MultiImager), 1 Electroporateur, (Biorad, Gene pulser II), 1 Four à
hybridation microarray, (Agilent Technologies )…
- Plateforme de génie des procédés : Réacteur
double enveloppe de 2 litres, équipé d’une pompe à
vide (20 à 1000 mbar), d’une pompe d’alimentation et d’une
colonne de distillation (Pilot systèmes), Evaporateur rotatif (Büchi)…
- Plateforme d’analyse : Chaîne HPLC (Thermo), Système
d’acquisition et de traitement PC1000, 1 spectromètre de masse
(Thermo, Automass III) …
- Plateforme de protéomique (Plateforme Génomique Fonctionnelle
Bordeaux) : Electrophorèse (monodimensionnelle et bidimensionnelle),
IPG Phor, Amersham Biosciences, Mascot® …
L’ESTBB a en outre pour projet d’acquérir un système
automatisé d’électrophorèse, un microspectrophotomètre
Nanodrop et une centrifugeuse basse vitesse gros volume (6x1L).
Thématiques et recherches réalisées
à l’ESTBB
L’école dispose d’un pôle transcriptome récemment
créé au sein de la Plateforme Génomique Fonctionnelle
Bordeaux (2004).
Ce pôle a pour objectif d’offrir à la communauté
scientifique régionale la possibilité d’effectuer des
analyses d’expression d’ARN (transcriptome) sur puces pangénomiques
développées par la société Agilent Technologies.
La méthode utilisée pour fabriquer ces puces, qui consiste en
la synthèse d’oligos longs de 60 mers in situ par technologie
jet d’encre, permet d’obtenir des résultats de qualité.
Les puces correspondant aux organismes suivant sont actuellement disponibles
: Homme, souris, rat, Arabidopsis thaliana, riz,Saccharomyces
cerevisiae, poisson zèbre (Danio rerio), Caenorhabditis elegans,
Magnaporthe grisea.
L’ESTBB travaille en étroite collaboration avec la société
Agilent technologie pour que l’offre de microarrays pangénomiques
soit en adéquation avec les derniers développements proposés
par cette société (nouveaux protocoles, nouveaux logiciels d’extraction
des résultats et d’analyse bioinformatique). L’école
est également en contact avec d’autres sociétés
commercialisant des microarrays de même type : Amersham bioscience,
Ocimum Biosolutions (ex MWG biotech), Applied biosystems.
L’ESTBB a en outre des compétences
en bioproduction et biochromatographie.
Les trois objectifs de cette thématique sont de :
- Développer une recherche spécifique à l’ESTBB
sur la biochromatographie des protéines d’intérêt
industriel.
- Avoir une action de transfert technologique en direction des entreprises.
- Et développer une action de transfert auprès des laboratoires
de l’Université Victor Segalen Bordeaux2.
L’école a développé une technique de recherche
sur les procédés biochromatographiques afin d’intégrer
ces différents paramètres lors du processus de purification.
La technique utilisée est la chromatographie d’affinité
qui est considérée comme la plus spécifique en raison
de la spécificité de l’interaction entre le ligand fixé
sur le support chromatographique et la biomolécule d’intérêt.
Plusieurs études ont d’ailleurs été développées
par l’ESTBB, dont :
- La mise au point de nouveaux procédés de purification de la
pénicilline acylase, protéine d’intérêt industriel
nécessaire à la synthèse d’antibiotique hémi-synthétique.
Dix nouveaux supports de chromatographie de pseudo-affinité on été
conçus, synthétisés et évalués aussi bien
dans leurs aspects dynamiques que qualités.
- La purification d’enzymes membranaires : l’application de la
chromatographie à la purification d’enzyme membranaire a été
développée au sein du laboratoire de Biogenèse Membranaire
CNRS-UMR 5200 dirigé par le Dr. R. Lessire.
A partir de plusieurs centaines de millilitres de cultures, une homogénéisation
ultrasonique a permis l’éclatement des cellules. De cet homogénat
non clarifié, la protéine sur-exprimée comme corps d’inclusion
a été solubilisée et purifiée en une étape
de chromatographie de chélation des métaux. Le système
d’expression et l’utilisation de la chromatographie d’affinité
ont permis d’obtenir pour la première fois et
rapidement une protéine SNARE de cellule végétale. Cela
permettra dans un futur proche l’étude du transport lipidique
vésiculaire sur le chemin REGolgi-membrane, et de déterminer
la structure cristallographique par rayons X de cette protéine.
Chélations des métaux (IMAC) et
protéines recombinantes
L’activité de l’ESTBB se décline
en quatre axes
Conseil : Cette activité consiste principalement
à expertiser et à conseiller les laboratoires ayant des projets
de recherche dans les domaines de la production et de la purification de protéines
recombinantes, de la transcriptomique et de la protéomique.
Notre rôle est d’informer nos interlocuteurs sur les possibilités
et limites des différentes techniques, sur le « design »
expérimental et sur le coût des expériences.
Collaborations : Cette activité, qui fait suite
à l’activité précédente, se traduit par
la réalisation d’expériences dans les domaines de compétence
cités ci-dessus, en collaboration avec les différents partenaires.
Formation : L’ESTBB assure une mission de formation
continue ouverte aux académiques et aux industriels. Le fonctionnement
actuel reposeégalement sur la formation de membres des équipes
utilisatrices (dans la période considérée : techniciens,
DEA, doctorants, post-doctorants, MC).
Démarche Qualité : Une école
d’ingénieurs se doit de mettre en place un système Qualité-Sécurité-
Environnement au sein de ses structures d’enseignement et de recherche
pour garantir à nos partenaires industriels l’usage de bonnes
pratiques scientifiques. Une telle démarche prend appui sur un ensemble
de textes internationaux, européens ou nationaux qui recommandent (recherche),
voire exigent (industrie pharmaceutique, recherche clinique) l’application
de bonnes pratiques. Ce système Qualité est élaboré
selon les référentiels ISO 9001, 14001, OHSAS 18001 et Bonnes
Pratiques de Laboratoire (BPL).
La mise en place d’un système intégré QSE, opération
soutenue par le Conseil Régional d’Aquitaine, s’effectue
en partenariat avec un cabinet conseil et formation spécialisée
en BPL (IPC3H) sous la direction du responsable Qualité de l’ESTBB.
Par ailleurs, l’ESTBB a un objectif majeur à atteindre : la création
d’une équipe de recherche ESTBB / Université Victor Segalen
Bordeaux 2 sur le thème « Biotechnologie des Protéines
Recombinantes à Visée Santé ». En effet, une école
d’ingénieurs doit développer une activité de recherche
technologique. Cette dernière doit être en phase avec les besoins
des industriels et s’appuyer nécessairement sur une recherche
fondamentale de haut niveau. Le premier aspect sera poursuivi dans le centre
de transfert technologique de l’ESTBB, alors que la recherche fondamentale
sera développée au sein de l’équipe en création.
De nombreux partenariats principalement industriels
L’école a initié un grand nombre de partenariats avec
des sociétés impliquées dans le développement
des biotechnologies en France et à l’étranger. Ces relations
se sont établies au travers de conférences, de stages des élèves-ingénieurs
en entreprises et de partenariats de recherche.
Les ingénieurs de l’ESTBB mettent, de ce fait, leurs compétences
au service de nombreuses sociétés parmi lesquelles Novartis,
Sanofi-Aventis (production d’hydrocortisone dans la levure), Roche,
Rohm & Haas, Labeyrie (mise au point d’un dosage enzymatique), Ricarimpex
(purification de facteurs anticoagulants), Genetech, Baxter, GSK, Abbott …
Contrats de recherche, partenariats industriels et création d’entreprises
: tels sont les 3 axes essentiels de valorisation qui constituent la force
de l’ESTBB.
L. ESSADIKI