Un centre de recherche en Bio-informatique créé au sein de l’Ecole des Mines de Paris

Novembre 2006 - n°115

Après trois années d’activités initiées au sein de son équipe Géostatistique, l’Ecole des Mines de Paris a décidé de créer un pôle de recherche dédié à la bio-informatique.
Placé sous la responsabilité de M. Jean-Philippe VERT, ce centre de bio-informatique travaille en partenariat avec les plus grands acteurs dans le domaine de la santé et des sciences du vivant, en France et à l’international.
Entre autres sujets de recherche étudiés : le paludisme, le cancer, ou encore, le criblage virtuel, c’est-à-dire la recherche de nouveaux médicaments à partir de données statistiques.

Une réponse aux besoins croissants des sciences du vivant

Le centre de bio-informatique, animé par 9 personnes, développe des méthodes mathématiques et informatiques innovantes répondant aux besoins croissants des sciences du vivant. Ces méthodes permettent d’analyser des données fournies par les technologies dites à « haut débit » en biologie et médecine, telles que le séquençage de génome, les biopuces ou la chimie combinatoire.

A l’origine de ce savoir-faire ? L’expertise de l’Ecole des Mines de Paris en mathématiques appliquées et informatique, reconnue internationalement. Cette expertise, alliée au profil international de Jean-Philippe VERT, a facilité les collaborations avec les grands laboratoires français, notamment l’Institut Pasteur et l’Institut Curie, ainsi qu’avec les universités de Washington, Berkeley et Davis aux Etats-Unis ou Kyoto au Japon.

Le point sur les collaborations engagées

=> Le partenariat avec les universités américaines, soutenu par le National Institute of Health, a mis l’accent sur le développement de méthodes d’apprentissage statistique pour analyser et intégrer des données génomiques hétérogènes, dans le but de prédire les structures et fonctions de l’ensemble des protéines de la levure.

=> La collaboration avec l’Université de Kyoto se focalise quant à elle sur le criblage virtuel de molécules et la reconstruction de voies métaboliques et de réseaux génétiques.

=> Les recherches avec l’Institut Pasteur visent à analyser la réponse transcriptionnelle du parasite P. falciparum, qui transmet le paludisme, à diverses molécules.

=> Le projet avec l’Institut Curie sur les tumeurs cancéreuses, soutenu par le Ministère de la Recherche, a pour objectif de modéliser les voies de régulations impliquées dans le développement tumoral.

=> Le centre de bio-informatique de l’Ecole des Mines de Paris a par ailleurs entamé une collaboration avec des chercheurs du CEA Grenoble, avec le soutien de la Ligue contre le Cancer, dans le but de développer des méthodes d’analyses pour une nouvelle technologie de puces à cellule et de modéliser l’action de siRNA en chimiothérapie.

=> Un projet européen avec notamment la start-up Genewave ainsi que des partenaires espagnols et italiens se concentre sur le développement de nouveaux types de puces à ADN ne nécessitant pas l’utilisation de scanners.

De nombreuses autres recherches sont en cours, dans le domaine de l’épidémiologie avec l’INSERM, des projets de recherche sur la chimiothérapie avec les siRNA, sur les maladies tropicales avec l’Université catholique de Louvain.

Enfin, au-delà du secteur de la santé et de l’industrie pharmaceutique, les compétences du centre de bio-informatique de l’Ecole des Mines de Paris intéresse bien sûr le secteur de l’industrie agro-alimentaire et de l’environnement…

Au-delà de la recherche, l’enseignement…

Le centre de bio-informatique participe également aux activités d’enseignement de 3ème année de l’Ecole des Mines de Paris dans le cadre de l’option de « biotechnologie ». Son équipe intervient en outre dans les masters « probabilités et applications » de l’Université de Paris 6 et « Mathématique, vision, apprentissage » de l’ENS Cachan.

Rappelons que l’Ecole des Mines de Paris, membre du réseau Paritech, forme des ingénieurs généralistes (ingénieurs civils des Mines) et des corps techniques de l’Etat (Corps des Mines). Elle développe depuis les années soixante des activités de recherche et d'enseignement de troisième cycle et forme 486 doctorants.

L'ensemble des thématiques traitées dans ses 14 laboratoires couvre de vastes disciplines : depuis les mathématiques appliquées aux sciences sociales, en passant par l'énergétique, les sciences de la terre, les matériaux.

L’Ecole des Mines de Paris entretient des liens étroits avec les entreprises françaises et étrangères. Avec 22 millions d’euros en 2005, elle est d’ailleurs la première des écoles d’ingénieurs pour le volume de recherche contractuelle avec des entreprises.