Mars 2007 - n°119
Inauguration du laboratoire IBISC, Informatique Biologie Intégrative et Systèmes ComplexesA Evry, le 16 novembre dernier, était inauguré le Laboratoire
IBISC (Université d’Evry – CNRS – Genopole). A cette
occasion, une journée scientifique « R&D, STIC et Vivant
» a été organisée..
Né de la fusion des laboratoires LaMI
et LSC…
Né de la fusion, en janvier 2006, des équipes LaMI (Laboratoire
de Méthodes Informatiques) et LSC (Laboratoire Sciences Complexes),
le laboratoire IBISC constitue un pôle important en matière de
sciences et technologies de l’information et des communications (STIC),
sur le campus universitaire d’Evry-Val d’Essonne (91). C’est
en effet à travers les deux unités fondatrices que le domaine
des STIC s’est largement développé à Evry, en particulier
pour des problématiques liées aux sciences du vivant (modélisation
pour la post-génomique, calcul bio-inspiré, domaines bio-médical
et médical).
L’université d’Evry a l’ambition de fédérer
les forces de recherche STIC du site d’Evry, afin de développer
un pôle fort, original et structurant dans le sud parisien. Outre son
implication dans la recherche, ce pôle STIC joue un rôle essentiel
aussi bien dans l’offre de formation de filières professionnalisantes
que dans celui de la formation à et par la recherche, avec à
ce jour une soixantaine de doctorants inscrits.
La fusion du LaMI et du LSC représente le noyau de ce pôle. La
nouvelle unité IBISC, qui compte aujourd’hui 60 enseignants -
chercheurs et chercheurs, a pour objectif d’intégrer progressivement
des chercheurs de l’ENSIIE - école d’ingénieurs
installée à Evry, détachée du CNAM - et de poursuivre,
consolider et étendre les partenariats déjà existants.
Unité FRE 2873 du CNRS, IBISC bénéficie ainsi d’un
environnement scientifique particulièrement favorable, au sein de l’université
d’Evry Val d’Essonne et de Genopole. A l’occasion de l’inauguration
du laboratoire, le 16 novembre dernier, les chercheurs ont proposé
aux visiteurs de participer à la journée scientifique intitulée
« R&D, STIC et Vivant ». Les différents axes et activités
de recherche du laboratoire y ont été représentés
ainsi que les principaux projets de collaboration en cours avec l’Industrie…
La biologie : l’un des points forts du
Laboratoire IBISC
IBISC développe des méthodes et des outils complémentaires
issus de l’informatique, de l’automatique et du traitement de
données pour les appliquer, d’une part, au domaine de la biologie,
et d’autre part, aux systèmes artificiels complexes ainsi qu’à
l’interaction de l’Homme avec ces systèmes.
Les activités scientifiques du nouveau laboratoire sont donc structurées
autour de trois axes :
axe SIV : STIC & Vivant ;
axe I2 : Interface et Interaction ;
axe MOSCA : Méthodes & Outils pour les systèmes complexes
artificiels.
Ces axes sont constitués d’équipes - projets qui collaborent
énormément entre elles, et mettent en œuvre des travaux
transversaux, constituant un ciment solide entre tous les chercheurs du laboratoire.
Intéressons-nous tout particulièrement aux applications développées
dans le domaine de la biologie, sous l’axe SIV. « Le terme
« Biologie » est à prendre au sens large »,
souligne M. Etienne COLLE, directeur du laboratoire IBISC. « Il
commence à la molécule et se termine à l’être
humain en passant par la cellule et l’organe… »
Les travaux de recherche du Laboratoire se concentrent sur trois thèmes
principaux :
la représentation, l’analyse, la comparaison et l’extraction
de connaissances des séquences d’ADN, d’ARN ou de protéines
; la détermination de motifs fonctionnels et l’annotation ;
le développement d’outils adaptés à la biologie
des systèmes (modélisation, simulation, visualisation, validation)
;
et, plus généralement, la représentation, la modélisation
et la simulation de réseaux de régulation (à l’échelle
moléculaire, cellulaire ou tissulaire) ou de processus biologiques
complexes (métabolisme, prolifération, migration, échappement
métastatique).
Le pari ambitieux d’intégrer au nouveau laboratoire une équipe
de biologie expérimentale permet de concrétiser et de renforcer
encore les liens privilégiés tissés sur Evry entre informatique
et biologie dans le domaine de la modélisation. Des collaborations
sur le long terme qui pourraient générer de très nombreuses
retombées, en particulier dans le domaine médical dans le traitement
du cancer...
EXOGEAN, le plus performant des logiciels d’annotation
du génome
Fruit d’une collaboration de plusieurs années entre M. Franck
DELAPLACE -informaticien à l’IBISC-, Hugues ROEST CROLLIUS -biologiste
à l’ENS Paris Ulm- et de Sarah DJEBAL -étudiante en thèse
à IBISC et à l’ENS Paris Ulm-, EXOGEAN est un logiciel
d’annotation rapide et évolutif. Il est particulièrement
performant dans la spécificité de détection des gènes
et permet d’identifier des transcrits alternatifs.
Le travail de thèse de Sarah DJEBALI, qui a abouti à la mise
au point d’EXOGEAN, a consisté en une approche originale de capture
de l’expertise du biologiste pour en formaliser le savoir-faire ; l’objectif
étant d’améliorer la qualité de la reconnaissance
des gènes en s’appuyant sur l’expertise humaine considérée
comme la référence en la matière.
Les trois chercheurs ont soumis le résultat de leur travail à
une validation dans le cadre du projet international EGASP. Une vingtaine
de logiciels présentés par les plus grands laboratoires internationaux
ont été évalués ; les résultats de cette
comparaison ont distingué EXOGEAN comme le plus performant d’entre
eux. Pour les différents critères testés (efficacité,
sensibilité, sélectivité…), le logiciel EXOGEAN
est souvent arrivé en première, deuxième ou troisième
position !
Les résultats de cette évaluation sont décrits en détail
dans le supplément de Genome Biology 2006, 7 (supplément 1)
[accès en ligne : http://genomebiology.com/7/S1].