2023-02-23 
SeqOne et le CNR, pionniers pour l'utilisation de la technologie de séquençage d'Oxford Nanopore : amélioration du diagnostic des maladies rénales

•    Amélioration du diagnostic et de la prise en charge des patients atteints de maladie rénale
•    Réduction des délais d’exécution des analyses génomiques
 
SeqOne, concepteur et fournisseur de solutions d’analyse de données génomiques de nouvelle génération pour la médecine personnalisée, annonce aujourd’hui les résultats d’une collaboration de recherche de longue date avec l’équipe du Pr. Laurent Mesnard, Co-Directeur du Centre National de Référence français des MicroAngiopathies Thrombotiques (CNR-MAT).

Ce partenariat visait à améliorer le diagnostic et la prise en charge des patients suspectés de souffrir de microangiopathies thrombotiques (MAT) et de syndrome hémolytique atypique (SHUa).

Le programme avait pour objectif l'utilisation de la technologie révolutionnaire de séquençage  d'Oxford Nanopore, afin de réduire considérablement les délais d'obtention de données pertinentes.  Les patients ont été séquencés à l'aide de la solution d'échantillonnage adaptatif (adaptive sampling) d'Oxford Nanopore. Cette approche permet de cibler les séquences d’intérêt du génome pour les MAT, et d’explorer plus en détail les régions qui contiennent des mutations génomiques complexes et difficiles à détecter à l'aide des méthodes standard.

Cette analyse basée sur la technologie Oxford Nanopore a été comparée aux approches traditionnelles de séquençage, dites « à lecture courte », en vue d’établir une comparaison  avec les normes de soins actuelles et de quantifier les avantages du séquençage des nanopores. Les analyses de 15 patients ont montré le potentiel de l’approche et souligné les avantages suivants par rapport au séquençage en « lecture courte » :
•    Délais d’exécution nettement plus rapides : moins de trois jours entre la collecte de l’échantillon et le rapport clinique, contre 3 à 4 semaines via un séquençage externalisé à lecture courte,
•    Détection fiable de variants complexes, tels ceux affectant les gènes de la voie alterne du complément, gènes souvent associés à des régions complexes ou dupliquées.
•    Détection de certains types de variants, notamment les mutations génétiques hybrides CFH:CFHR1, qui ne peuvent pas être détectées à l’aide de la technologie traditionnelle à lecture courte
•    Indication claire des patients qui répondront efficacement à l’un des médicaments dans le traitement de la maladie - vitamine B12 dans le déficit en cobalamine III ou éculizumab en cas de dysrégulation de la voie alternative du complément associée au SHUa.

Les MAT, comme le SHUa, sont des maladies rares qui affectent principalement les reins.  Difficiles à diagnostiquer à l’aide des méthodes traditionnelles car ils présentent des symptômes non spécifiques, tels qu’une hypertension sévère, une lésion rénale aiguë / insuffisance rénale dans le contexte de l’anémie mécanique et de la thrombocytopénie. Les lésions MAT peuvent être associées à de nombreuses maladies et à certains troubles génétiques liés au SHUa.
Les diagnostics moléculaires, en particulier dans les gènes associés à la régulation alternative des voies du complément, permettent d’identifier les patients qui souffrent de cette maladie et d’informer sur les options thérapeutiques possibles pour la MAT/SHUa.  

« Il est clair qu’une technologie capable de séquencer rapidement  de longs fragments d’ADN, comme celle d’Oxford Nanopore, associée à une solution d’interprétation robuste telle que SeqOne, sont nécessaires pour extraire tout le potentiel de la technologie de séquençage de troisième génération en néphrologie et en SHUa », a déclaré le Pr. Laurent Mesnard, principal investigateur  de l’étude.  

Dans le cadre de ce programme, SeqOne a mis en œuvre un support de lecture longue compatible Oxford Nanopore, capable de gérer les données d’échantillonnage adaptatives.  SeqOne est une plate-forme conforme CE-IVD, qui simplifie l’analyse et l’interprétation rapides des données des patients, ce qui maximise l’efficacité et permet une gestion de volume de cas plus élevée.

« SeqOne est convaincu du potentiel clinique de la technologie d’Oxford Nanopore et des avantages du séquençage au chevet du patient » déclare Nicolas Philippe, CEO de SeqOne.  « Nous investissons massivement pour fournir les meilleures solutions d’interprétation des données fournies à l’appui de cette initiative passionnante. »

« Nous sommes ravis de participer à ce projet de recherche et de voir le potentiel du séquençage des nanopores en néphrologie et en TMA/SHUa. La technologie permet d’améliorer les résultats avec des délais de restitution  nettement plus rapides et offre la capacité d’identifier des variants complexes. » a commenté le Dr Emma Stanton, vice-présidente clinique, Oxford Nanopore Technologies.

Sur la base des excellents résultats obtenus dans ce programme, SeqOne et CNR-MAT prévoient d’étendre leurs recherches collaboratives pour l’utilisation de la technologie de séquençage des nanopores afin de qualifier d’autres patients éligibles à un traitement efficace (vitamine B12, éculizumab) et d’étudier l’impact d’autres types de variants dans le pronostic des patients atteints de MAT/SHUa.

Communiqué de presse en PDF

A propos de SeqOne Genomics
Créée en 2017, SeqOne Genomics propose des solutions d’analyse de données génomiques ultra performantes pour la médecine personnalisée dans les domaines du cancer, des maladies rares et héréditaires, ainsi que pour les sociétés pharmaceutiques qui développent de nouvelles thérapies. Cette solution s’appuie sur le big data et machine learning avancés, associés à GeniOS™, système d’exploitation génomique propriétaire de la société qui permet de réduire très fortement les temps de réponse et les coûts tout en produisant des observations complètes et évolutives pour la médecine personnalisée. Grâce aux performances de sa plate-forme, SeqOne est devenu rapidement le partenaire de nombreux établissements de santé et de laboratoires du secteur privé, devenant leader sur le marché français. La société est en phase de déploiement international. SeqOne Genomics a remporté plusieurs récompenses, notamment le prix iLab et le Prix Hélène Starck qui récompense de jeunes chercheurs soutenus par la Fondation ARC.
Pour plus de précisions : https://seqone.com